El Sistema Nacional de Transparencia, Acceso a la Información Pública y Protección de Datos Personales contará con un Consejo Nacional, titulares de las instituciones integrantes del mismo Sistema y será presidido por el Presidente del Instituto. 

Dicho Consejo Nacional podrá funcionar en Pleno o en comisiones. El Pleno se reunirá por lo menos cada seis meses a convocatoria de su Presidente o la mitad más uno de sus integrantes. 

El Sistema Nacional contará con un Secretario Ejecutivo designado por el Pleno del INAI.

Uno de los espacios de coordinación, colaboración, diálogo, discusión, deliberación, análisis y propuestas es la Coordinación de los Organismos Garantes de las Entidades Federativas. 

Para el adecuado desarrollo de las actividades del Sistema Nacional, sus integrantes podrán establecer sesiones regionales como una instancia que con base en la división territorial del país y en función de la ubicación geográfica de las Entidades Federativas.