El Consejo Nacional del Sistema Nacional de Transparencia, Acceso a la Información Pública y Protección de Datos Personales es la máxima autoridad del Sistema y se compone por los titulares de las instituciones integrantes del mismo Sistema y será presidido por el Presidente del INAI. 

El Consejo Nacional es la instancia de coordinación del Sistema Nacional, el cual tiene por objeto la organización efectiva y eficaz de los esfuerzos de coordinación, cooperación, colaboración, promoción y difusión en materia de transparencia, acceso a la información, rendición de cuentas y protección de datos personales. La coordinación entre sus integrantes será el eje rector del Sistema Nacional. 

Los integrantes del Consejo Nacional, a través de acuerdos dados en el seno de éste, establecerán los mecanismos de coordinación que permitan la formulación y ejecución de políticas, programas y acciones para el cumplimiento de sus funciones y de los objetivos del Sistema Nacional previstos en la Ley General de Transparencia y Acceso a la Información Pública.